Tabla de Contenidos
Modelización de Sistemas Biológicos
Esta asignatura capacitará al alumno en los fundamentos de la simulación computacional aplicada a la modelización de sistemas biológicos.
| Alias | Plan | Curso | Tipo | Duración | Créditos |
|---|---|---|---|---|---|
| MSB | Biotec | 7º Semes. | Ob. ram. | Semestral | 5 ECTS |
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Tutorías
| Nombre | Despacho | L | M | X | J | V |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Ángel Rodríguez Martínez De Bartolomé (arodri@fi.upm.es) | 4102 | 8:00-10:00 11:00-13:00 | · | 8:00-10:00 | · | · |
| Ángel Merchán Pérez (amerchan@fi.upm.es) | CTB | · | · | · | · | · |
Noticias
Calendario
Calendario semestre septiembre 2014
Temario
- Presentación(PDF).
- Introducción a Simulación y Modelización (PDF).
- Simulaciones de Monte Carlo (PDF).
- Componente Aleatoria de los Modelos (PDF).
- Simulaciones de Sistemas Continuos (PDF).
- Simulaciones de Eventos Discretos (PDF).
- Diseño Experimental, Verificación y Validación (PDF).
- Modelos bioinspirados: Una introducción (PDF).
Prácticas
- Prácticas de simulación con Matlab y Simulink (PDF).
- El documento de Matlab y Simulink se ha actualizado con el enunciado (Apartado 5).
- Prácticas de simulación con MCell (Introducción a MCell PDF).
- Descarga de MCell y CellBlender: www.mcell.psc.edu
- Descarga de Blender: www.blender.org
- Descarga de Python: www.python.org (MacOS X) y ww.python.rg (Windows)
- Tutorial de MCell: Getting Started
- Modelado de reacciones en MCell (PDF).
- Enunciado de la práctica (PDF).
- Modelo de partida y artículos de referencia (ZIP).
- Nuevo: Tutoría de la Práctica de Blender: 22 de Enero de 2015
- Nuevo: Fecha de entrega de la práctica (se entregará un informe de 10 págs. máximo): 30 de Enero de 2015
Casos Prácticos
- El Modelo de Watson y Crick: El modelo de la estructura del ADN propuesto por Watson y Crick en 1953 es uno de los más importantes de la Historia de la Biología, y ha propiciado desde entonces un gran número de avances científicos. En un segundo artículo los mismos autores profundizaban en los detalles del modelo, justificando la validez del mismo. Los alumnos deberán leer el artículo original de 1953, que se analizará de forma crítica en clase.
- Watson, J. D., and Crick, F. H. (1953). Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature 171, 737-738
- Crick, F. H. C., and Watson, J. D. (1954). The Complementary Structure of Deoxyribonucleic Acid. Proc. R. Soc. Lond. A 223, 80-96, doi:10.1098/rspa.1954.0101
Bibliografía
- Hoppensteadt, F. C., & Peskin, C. S. (2002). Modeling and simulation in medicine and the life sciences (Vol. 2). New York: Springer.
- Law, A. M., & Kelton, W. D. (2001) [3rd Ed.]. Simulation modeling and analysis. New York: McGraw-Hill.
